《菏泽医学专科学校学报》（季刊）创刊于1989年，是由山东省教育厅主管、菏泽医专主办的综合性医学期刊。主要刊发基础和临床论著、综述、短篇等。编委会主任庞业俊教授，副主任李玉林、吴效普副教授，委员27人，均为各学科学术带头人。主要栏目：基础医学、临床医学、祖国医学、护理医学业、思维与方法、短篇报道、综述。

《菏泽医学专科学校学报》1996年（期刊质量进步奖）；1998年（二等奖）；2000年（一等奖）；2002年（一等奖）；2004（一等奖）；2006年（一等奖）；2008年（核心期刊）；2012年（）核心期刊）；中国高校自然科学学报研究会。